Karena aktivisme politik ayahnya, Prabowo menghadapi masa kecil yang terbatas tinggal di luar Indonesia mulai dari kelas tiga. Namun, cinta akan Indonesia, yang ditanamkan oleh orangtuanya dan kakeknya, membawanya memilih Akademi Militer Nasional daripada menghadiri universitas top Amerika, meskipun prestasinya di sekolah tinggi.
Di Jakarta, Prabowo tinggal di antara rumah ayahnya di Jalan Kertanegara, Kebayoran Baru, dan rumah kakeknya di Jalan Matraman. Tempat tinggal kakeknya, R.M. Margono Djojohadikusumo, berada di sebelah rumah K.H. Hasyim Asyari, kakek dari presiden keempat Indonesia, Gus Dur.
Prabowo juga menghabiskan waktu di Swiss, sebuah langkah yang dipicu oleh perselisihan politik antara Prof. Sumitro dan Presiden Sukarno mengenai Partai Komunis Indonesia (PKI), di mana Prof. Sumitro tidak bisa menerima keterlibatan PKI dalam pemerintahan Sukarno, yang menyebabkan pengawasan rumah diluar negeri Prof. Sumitro oleh dinas intelijen.
Pendidikannya berlanjut di American School di London, di mana Prabowo menjadi kapten tim sepak bola, debat, dan catur, dan menjabat sebagai redaktur majalah sekolah. Perlu dicatat, selama ini, Prabowo adalah satu-satunya murid Indonesia di sekolahnya.
